在禽禽類和哺乳動物之間有明顯的解剖學和生理學差異，因此藥物吸收、分布和排出（代謝和排泄）的速度和程度都有所不同。雖然治療家禽細菌性疾病的一般性原則類似于哺乳動物的藥物治療，但重大的解剖學和生理學差異對治療方法有影響。所以給禽類用藥不能根據為哺乳動物物種建立的給藥方案簡單地推斷。
有關用藥的比較解剖學和生理學胃腸道系統是鳥類（食谷和食肉物種）之間主要的差異器官。每種鳥類（即家禽、獵鳥和觀賞鳥）都有一些差異特征，其中一些造成藥物代謝方式上的差異。根據食物類型和喂養方法的不同，可能觀察到不同物種的每一部分消化系統中都存在差異。下面是對給家禽用藥和藥物在家禽體內發生作用涉及的一些解剖學和生理學特征的評論。
食道和嗉囊
在禽食道連接咽與腺胃。與哺乳動物不同，禽的食道被分為頸部食道和胸部食道。在很多但不是所有禽類中，頸部食道延伸至嗉囊。嗉囊是一個儲存器官，也起到軟化飼料的作用。因為嗉囊有角質化的上皮，這部分消化道一般很少或不吸收藥物。但是口服藥物的可用度和吸收可能受到嗉囊的菌群和pH的影響。嗉囊的pH約為6。因此添加到飲水中的一些藥物可能在嗉囊中沉淀，導致運送延遲和吸收不良，如四環素的情況。另外，在嗉囊中存在的乳酸菌菌群可滅活大環內酯類抗生素。根據飼料的稠度，雞嗉囊的清空需要3-24小時。這對口服藥物的吸收模式有很大的影響。
胃（腺胃和肌胃）
在禽胃被分為三部分。最靠近啄的部分是真胃或腺胃。然后是被稱作中間區的第二部分和第三部分，即肌胃或砂囊。胃腺細胞分泌胃蛋白酶原（蛋白水解酶原）和鹽酸。由于胃內容物的強酸成分，一些弱堿藥物可能被滅活（例如青霉素G和紅霉素）。攝取的多數溶液性藥物很快通過嗉囊和胃，在幾分鐘內進入腸道。堿性的胰液中和源于肌胃的酸性物質并在腸道進行吸收。
腸道（小腸、盲腸、大腸和泄殖腔）
在禽如同在哺乳動物中一樣，禽類中的吸收主要發生在十二指腸和上空腸。小腸中的快速運送和消化道遠端部分的有限發展（為了適應飛翔）使未與飼料一起留在嗉囊中的那些藥物在約5-6小時的短時間內通過雞消化道的原因。各種鳥類中存在的細菌正常菌群可有很大的不同。鴕鳥中的正常菌群是多樣化和重要的，定
植在整個胃腸道中；雞盲腸中的正常菌群較豐富；鴿子中的正常菌群很少。大多數鳥類嗉囊中的本土的腸道正常菌群可通過水解或還原性質的代謝轉化滅活某些藥物。除了腸道的生物轉化，存在或不存在腸道外排泵系統（去除腸上皮細胞中的四環素、大環內酯類抗生素、喹諾酮類等某些抗生素的主動運輸系統）也可對口服藥物的生物利用度有重要影響。
肝臟系統
在禽一種藥物在不同物種（有時甚至在一個物種的不同品系）中的代謝有所不同，因為代謝和排泄之間的關系由基礎代謝和遺傳因素所決定。與哺乳動物相比，據說代謝在代謝率和體溫較高的禽類中有較大的作用。在不同動物物種中的藥物代謝一般顯示相似的路徑，但生物轉化率由于催化性能的很大差異而大為不同。報道了鳥類中的生物轉化階段I（氧化、還原和水解作用）和階段II（共軛）反應，但某些藥物在禽類中的路徑可能完全不同。禽細胞色素P450酶的形式幾乎均未被充分描述過。至于雁形目（鴨子和鵝）及雞形目（雞和火雞）中的階段II反應，鳥氨酸反應（從氨中產生尿素）比葡萄糖醛酸化途徑更重要（階段II代謝中的路徑導致藥物共軛）。相比之下，在鴿子中似乎缺少鳥氨酸共軛，而以甘氨酸共軛為主。
腎臟系統
在禽禽的皮質包含兩類腎元，一類是沒有亨利氏袢的爬蟲類腎元，另一類是像哺乳動物腎臟的腎元，含界限清楚的亨利氏袢。一般來說，禽類比同樣體重的哺乳動物有較低的腎小球濾過率，并且如果該濾過率在哺乳動物中是不變的，它在禽類中卻是間歇式的。不清楚禽小管細胞分泌藥物的能力；然而，多數廢物（85-
95%的尿素）是通過分泌排除的。腎小管濾出液中的藥物通過擴散被再吸收，藥物的再吸收量和再吸收率與濾出液中的藥物濃度成比例，也取決于藥物的離子化程度。禽腎濃縮尿的能力有限，平均的尿液-血漿滲透壓約為2。母禽尿的pH為4.7-8.0（取決于產蛋的階段），公禽尿的pH約為6.4。腎臟包含為禽體較低區域
排液的腎門脈系統。門脈為腎小管周圍毛細血管供血，因此將青霉素等會主動分泌的藥物注射入后肢后可在進入體循環之前先去腎小管。
呼吸系統
在禽與哺乳動物的肺臟相比，禽的肺臟在體重中的占比較小。不像哺乳動物的肺臟，禽的肺臟相對僵硬，在呼吸循環中的體積不變。噴霧給藥的全身利用度較低。
在禽即使在最佳的條件下，肺臟結構的解剖差異和病禽在治療中缺乏身體活動意味著藥物僅能達到20%的肺組織，而不能達到大部分氣囊。為了提高藥物在肺臟和氣囊中的水平，顆粒應該在1-3μm之間。在雞中，3-7μm的霧化顆粒一般沉淀在鼻腔和氣管的粘膜表面上。也可通過氣管內的應用在技術上獲得呼吸道中的藥物治療水平；但這在家禽中被認為是不現實的。
抗菌藥物的藥理學特性
在禽至于抗菌藥物，包括作用方式和動力學曲線之內的藥理學特性信息可幫助獸醫選擇針對特定病原體的最好獸藥。
藥效特性
在禽抗生素藥效學這個術語包括感染部位的藥物濃度和抗菌效果。有關具體藥物的藥效特性知識使臨床醫生能夠確定最適當的給藥方案。一般來說，可根據抗菌藥物的一般特性，例如其作用方式（即殺菌或抑菌），及其濃度和/或時間同時依賴作用（即殺菌作用的類型），劃分抗生素。例如，氨基糖苷類，氟喹諾酮類和多粘菌素類是濃度依賴型的，而大多數β-內酰胺類藥、大環內酯類、林可酰胺類、氯霉素類、磺胺類和二氨基嘧啶類是濃度和時間依賴型的。同時依賴型抗菌藥物既依賴暴露的時間也依賴藥物濃度的持續。然而，濃度和時間依賴作用機制之間的區別不是絕對的。抑制生長所需的一種抗生素的最低濃度（最低抑制濃度MIC）有別于殺死一種微生物所需的最低濃度（最低殺菌濃度MBC）。最廣泛使用的功效和效力指標是最低抑制濃度。在根據足夠數量菌株的敏感微生物種確定了最低抑制濃度后即可確定MIC50 和MIC90值的中位數或幾何平均數。然后可能用一個或更多指標通過藥物動力學/藥效學集成數據得到臨時劑量：觀察到的最大濃度(Cmax)：MIC90比率（對于一些濃度依賴型藥物類別）；濃度-時間曲線下的面積（AUC：MIC90)比率（對于多數濃度和共同依賴型藥物，例如氟喹諾酮類，大環內酯類和四環素類）；以及在給藥間隔期間MIC90以上的時間百分比T（T>MIC90）。后者是血漿 /血清濃度超過MIC90的劑量間間隔的比例，被表達為劑量間間隔百分比。有一些是這些指標建議數值的科學數據（例如氨基糖苷類的Cmax：MIC90≥10:1；氟喹諾酮類的AUC：MIC90比率≥125小時；β-內酰胺類的T>MIC90≥50%）。這些數值事實上構成了臨床有效劑量的指南。
藥代動力學特征
在禽藥代動力學將藥物濃度隨時間在身體中的變化量化為所施用藥物的一種功能。一般來說，它根據數學模型計算血清/血漿濃度-時間數據，進一步提供有關藥物吸收、分布、代謝和排泄及其代謝物的數據。然而，必須考慮與家禽產品中的殘留有關的血漿和組織藥物藥代動力學。藥代動力學也受藥物親脂性的影響。
相關的藥代動力學參數是與特定時間的藥物濃度和當時體內的藥物量相關的分布體積、觀察到的最大濃度、觀察到最大濃度的時間、消除半衰期、清除率和濃度曲線下面積。蛋白結合到血漿的程度和感染部位抗菌藥物的濃度是重要的。與各種解剖和生理特征一樣，藥代動力學參數在不同種類的鳥之間可不同。從殘留的角度出發，重要的藥代動力學變量是觀察到的最大濃度、觀察到最大濃度的時間、濃度-時間曲線下面積、吸收半衰期、終端半衰期和可用度。參數、清除率、分布體積和半衰期對于組織殘留也有特殊的重要性。就一種特定的劑量而言，假如全部清除率高，濃度-時間曲線下面積就會低，當血漿中濃度-時間曲線下面積與組織濃度有關時（盡管以復合的方式），就會影響殘留。清除率是確定劑量的藥代動力學參數。另一方面，終端半衰期決定劑量之間的間隔。
家禽和哺乳動物不同，對家禽進行藥物治療時，除了上述解剖學因素外，還要考慮疾病的嚴重性（顯示臨床癥狀的禽的比例；對禽生產性能的影響；飼料轉化率、增重和生長一致性、淘汰率；以及死亡率）、藥物治療的成本、生產成本、禽的價值（種禽相對于肉禽）、家禽的年齡（距屠宰還有多長時間）等因素。要嚴格遵守停藥時間的義務，也要避免長期大量使用抗生素。